Zákon o majetkovém vyrovnání státu s církvemi číslo 428/2012 Sb. má mnohé kritiky. Námitky jsou směřovány jednak k obsahu zákona a dále k průběhu legislativního procesu, kterým byl přijat. Podle mého názoru však tento zákon skrývá zásadní rozpor ve svém obsahu, a to dokonce do takové míry, že smlouvy o finančním vyrovnání státu s církvemi uzavřené tehdejším předsedou vlády Petrem Nečasem neumožňují aktuální vydávání nemovitého majetku církvím. Takový krok by mohl být považován za protiprávní a to z následujících důvodů.

Zákon číslo 428 / 2012 Sb. o majetkovém vyrovnání s církvemi je ve své podstatě rozdělen na dvě části, což odpovídá dvojímu způsobu vyrovnání státu s církvemi a náboženskými společnostmi. V první části popisuje zákon narovnání křivd způsobených církvím komunistickým režimem, které se má provést navracením nemovitého majetku ve vlastnictví státu – České republiky. V druhé části (hlava III) zákon předpokládá finanční vyrovnání s církvemi za majetek, který nemůže být z různých důvodů vydán. Oceňuje paušálně tento majetek na určité částky a ty předpokládá vyplatit přímo církvím bez ohledu na to, který další majetek jim bude vydán podle první části zákona (hlava II).

Zákon tedy určuje zaprvé vydávání konkrétního majetku (u kterého se předpokládá, že šlo o historicky doložený majetek církve - ačkoliv podle mého názoru nebyl v jejím výlučném vlastnictví a jde spíše o darování) a současně zadruhé paušální finanční náhradu církvím za všechen zcizený majetek (jehož celkový rozsah ani jednotlivý výčet sice není nikomu znám, ale o kterém autoři zákona předpokládají, že by měl být církvím nahrazen).

Propojení obou částí zákona je realizováno v hlavě III, v paragrafu 16, odstavci 2, kde podle písmena a), cituji:

„Vedle náležitostí podle odstavce 1 je součástí smlouvy o vypořádání a) výslovné ujednání o tom, že uzavřením smlouvy o vypořádání jsou veškeré nároky dotčené církve a náboženské společnosti za původní majetek registrovaných církví a náboženských společností (…), který se podle tohoto zákona nevydává, vypořádány s tím, že vydávání věcí podle tohoto zákona není tímto ujednáním dotčeno.“