Ministerstvo financí se ohrazuje proti nepravdivým tvrzením ohledně auditů zdravotnictví, které si vyžádala Evropská komise. MF žádné výsledky auditů zatím nezveřejnilo, protože je zveřejnit nesmí do doby, než budou ukončeny. Žádost Ministerstva zdravotnictví na zveřejnění auditů by vedla k porušení zákona.

Audit zdravotnictví si vyžádala Evropská komise v červenci 2013. Identifikovala totiž závažná rizika týkající se transparentního a hospodárného vynakládání finančních prostředků z fondů EU na pořízení zdravotnické techniky. Stejně tak studie Evropské komise o korupci v oblasti zdravotnictví z října 2013 obsahuje závažné informace o stavu zdravotnictví v ČR a mimo jiné identifikuje korupční jednání.

Kvůli těmto rizikům a podezřením je v současné době Integrovaný operační program v oblasti zdravotnictví ze strany Evropské komise pozastaven. Provedení a dokončení auditu je nezbytné pro obnovení čerpání prostředků z fondů EU. To znamená, že tok peněz z EU neohrožuje Ministerstvo financí, ale právě podezření z netransparentního čerpání prostředků z EU. Metodika k mimořádnému auditu byla projednána a schválena zástupci Evropské komise. Auditní orgán MF se zpovídá přímo Evropské komisi.