Ve svém dopise z poloviny června Evropská komise uvádí, že ČR neplní od 13. července 2016 povinnosti, které pro ni vyplývají z rozhodnutí Rady EU. ČR podle Komise neinformuje v pravidelných intervalech o počtech žadatelů, které by mohla přijmout z Řecka a Itálie. S tím ale Česká republika nesouhlasí. „Výtky ohledně neplnění kvót jednoznačně odmítáme. Navíc na území Itálie a Řecka není v současné chvíli nikdo, kdo splňuje podmínky pro relokaci, proto je jakákoliv nabídka ze strany ČR bezpředmětná," uvedl ministr vnitra Milan Chovanec. Dodal, že Česká republika byla na své území připravena přemístit celkem 50 osob – 30 osob z Řecka a 20 osob z Itálie. Závazné nabídky (tzv. pledges) oznámila Řecku a Itálii dne 5. února 2016 a dne 13. května 2016. Po důkladných bezpečnostních prověrkách však ČR přijala pouze 12 osob z Řecka. Itálie v případě první nabídky nedodala potřebné doklady, na druhou nabídku vůbec nereagovala.

Státy také neposkytují dostatečnou součinnost pro úspěšnou relokaci. Nejvíce problematický je systém registrace osob a jejich identifikace. Kromě toho, že v tuto chvíli jsou jakékoliv nabídky ze strany ČR bezpředmětné, Česká republika je konzistentně přesvědčena o nefunkčnosti celého systému povinných kvót. Relokační program má od počátku svého zavedení nedostatky a ani dalším členským státům se nedaří osoby efektivně relokovat a integrovat na svá území. Relokace neposkytují dostatečné bezpečnostní záruky a jsou mimořádně nákladné a administrativně náročné. Navíc se relokace nesetkávají s ochotou samotných migrantů systém využít nebo je jimi naopak zneužíván k usnadnění cesty do preferovaného státu. Neefektivnost a nefunkčnost celého systému pak podtrhuje fakt celkové úspěšnosti projektu. Doposud se podařilo relokovat pouze 15 % z celkové kvóty.