Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy nesouhlasí s některými závěry kontrolní zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu, která se věnovala rozdělování veřejných peněz na výzkum, vývoj a inovace. MŠMT prostředky rozdělovalo transparentně, přičemž při rozdělování finanční podpory vždy postupovalo zcela v souladu se zákonem o podpoře výzkumu a vývoje.

Tyto prostředky na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumných organizací rozdělovalo MŠMT dle zákonného postupu, tj. dle podílu dané instituce na celkové hodnotě výzkumných výsledků všech organizací. Hodnocení výsledků výzkumu přitom vycházelo z oficiální metodiky hodnocení výsledků výzkumných organizací, které každoročně provádí vládní Rada pro výzkum, vývoj a inovace. MŠMT dlouhodobě upozorňuje, že stávající znění zákona neumožňuje poskytovateli při hodnocení výzkumné organizace pro účely institucionální podpory zohlednit kromě dosažených výsledků další atributy výzkumné organizace.