Sobotka se na odchodu svezl s šéfkou odboru informatiky Lenkou Stupkovou. Jako záminku si vybral generální ředitel Vězeňské služby Jiří Tregler únik fotografií Davida Ratha, které zveřejnil deník Blesk. Odvolání obou vysokých úředníků komentoval ministr v otázkách Václava Moravce smířeně. „Tam jde o fungování toho systému, ten systém vykazuje určité problémy," řekl Pospíšil.

ParlamentníListy.cz kontaktovaly odvolaného náměstka Sobotku, který uvedl, že jeho vynucená rezignace souvisí se smlouvou na Vězeňský informační systém, který v současnosti provozuje firma Microsoft. Sobotka připravoval nové výběrové řízení, které by uspořilo státu několik set milionů. Tomu však teď hrozí zrušení. Sám Sobotka komentoval své odvolání takto:

„Přišel jsem tam udělat pořádek, ten systém vykazoval stovky chyb, proto jsme chtěli nové výběrové řízení. Relevantní důvody pro mé odvolání nebyly. Byly tam nějaké tendence, resp. snahy, které jsem nechtěl akceptovat, tak jsem v zásadě na odvolání kývl.“ Tímto prohlášením Sobotka poukázal na možnou korupci a nátlak Microsoftu.