Zřízení celního úřadu je součástí rozsáhlé transformace Celní správy České republiky, vycházející ze strategie Generálního ředitelství cel pro období let 2023–2026. Ta reaguje mimo jiné na potřebu zvýšení efektivity, úsporná opatření, snížení administrativní zátěže podnikatelů a posílení moderního řízení veřejné správy.

Transformace se v první fázi opírá o novelu zákona č. 349/2023 Sb., kterou se mění některé zákony v souvislosti s konsolidací veřejných rozpočtů. Na základě této legislativní změny zaniklo ke dni 30. června 2025 patnáct stávajících celních úřadů a od 1. července je nahradilo šest nástupnických, kdy jedním z nich je právě Celní úřad v Ostravě. Cílem druhé části reformy je provedení organizačně-kompetenčních změn v právních předpisech upravujících působnost celní správy.