Během podzimní migrace jsou volně žijící stěhovaví ptáci schopni tento nebezpečný virus přenést také na naše území. Jsou totiž přirozeným rezervoárem virů ptačí chřipky.  Nebezpečí přenosu do chovů drůbeže představují především stěhovaví, volně žijící vodní ptáci, protože se u nich nákaza klinicky neprojevuje.

Ve spolupráci se specializovanými laboratořemi zajišťuje Státní veterinární správa na území České republiky provádění monitoringu ptačí chřipky v souladu s evropskou legislativou. Program sledování je zaměřen především na zjišťování výskytu ptačí chřipky u volně žijících ptáků a různých druhů drůbeže v komerčních chovech. Za první pololetí roku 2014 bylo vyšetřeno celkem 18 volně žijících ptáků a 88 chovů drůbeže s odběrem 1 180 vzorků krve – vše s negativním výsledkem.