„Mnozí by si mohli myslet, že čeští vědci svůj boj o peníze vedou s politiky za zvýšení rozpočtu na své výzkumy. To je evergreen, děje se tak při sestavování státního rozpočtu všude ve světě a každý rok. Ovšem ne tak u nás! Tady bojují o peníze jednotlivé segmenty výzkumu mezi sebou. Je to kontraproduktivní, používají se při tom podrazy a já si říkám, proč by tomu vlastně mělo být jinak? Vždyť se zdá, že používání špinavých metod se u nás v celé společnosti stává normou,“ napsal Pačes ve svém sloupku na iDnes.cz.

Vyjadřuje se též k nevraživosti mezi vysokými školami a Akademií. „Po roce 1989 se Akademii odebralo právo samostatně školit diplomanty a doktorandy a snížil se drasticky její rozpočet. Málo se ví, že Akademie musela uzavřít 22 ústavů a že propustila polovinu zaměstnanců. Česká konference rektorů docela vážně a oficiálně (letos) v květnu navrhla, aby se Akademii vzalo v roce 2013 více než 500 milionů a v následujících letech vždy více než 400 milionů. Jinými slovy: zavřete už konečně tu Akademii věd a dejte nám její peníze,“ přímo píše někdejší předseda instituce.