Mezi manažery velkých firem operujících v České republice je systém SAP považován za jeden z nejdražších, a ne právě flexibilních. Systémy SAP jsou totiž primárně konstruovány pro firmy, nikoli pro státní správu. Vzhledem k tomu, že je ministerstvo financí řízené hnutím ANO, hodlá zmíněný systém nasadit do celé státní správy, bude se zřejmě brzy řešit problém, nakolik je SAP schopen včas reagovat na změny v legislativě či na urgentní uživatelské požadavky, které jsou ve státní správě běžné.

Nejvíc na přechodu státu na JEKIS, postaveném na platformě SAP, zaráží fakt, že neexistuje objektivní odborná studie, zda je tento systém pro český stát výhodný. Jaké náklady si vyžádá použití existujících licencí, jejich sjednocení, implementace na všechna ministerstva a další složky státu a jejich následná údržba?