Obsazenost Regiojetů v průměru pohybuje kolem 80 procent. Student Agency v souboji o zákazníky vsadila na o něco nižší ceny, než platily u národního dopravce Českých drah. Základní jízdné z Prahy do Ostravy podle tarifů RegioJetu vyšlo na 420 korun proti 438 korunám u ČD. V případě zlevněné kreditní jízdenky, která vyžaduje bezplatnou registraci, stojí stejná trasa 230 korun. S věrnostní slevami Českých drah vyšla jízda mezi Prahou a Ostravou s In-kartou 25 na 329 korun a s dražší In-kartou 50 na 219 korun.

České dráhy tři dny po zahájení provozu konkurence představily na tratích mezi Prahou a Ostravou systém mimořádných slev. Cena základní jízdenky z Olomouce do Prahy například poklesla z 310 na 220 korun, obyčejné jízdné mezi Prahou a Ostravou dopravce snížil ze 438 na 295 korun. Postup Českých drah na podnět Student Agency prošetřuje antimonopolní úřad. Podle dřívějšího vyjádření Jančury byly nové ceny ČD tak nízké, že by kvůli nim mohl RegioJet zkrachovat. Obvinění z podnákladových cen odmítl generální ředitel drah Petr Žaluda tím, že ČD dle něj jezdí za ceny srovnatelné nebo vyšší než konkurence.