Podle kontrolorů není vyhodnocení programů migrační politiky spolehlivé, protože není možné zpětně kontrolovat údaje o klientech projektů. „Ministerstvo vnitra nepožadovalo, aby příjemci dotací evidovali klienty podle data narození. Přitom právě podle tohoto údaje ministerstvo pobyt cizinců v ČR sleduje. Systém vyhodnocení proto svědčí spíše o intenzitě využívání služeb než o konkrétních lidech, kteří službu využili,“ uvedl NKÚ.

V dílčím programu zaměřeném na zlepšení podmínek azylantů a integraci cizinců v ČR projekty získaly 288,6 milionu korun. V tomto případě má ministerstvo vnitra o počtu cizinců, kterým projekty pomohly, jen kvalifikovaný odhad. Mezi roky 2011 až 2015 to bylo více než 74 000 lidí. NKÚ ale poukázal na to, že Evropská komise tato čísla v minulosti nepožadovala.