Komunistická propaganda označila "číhošťský zázrak" za podvod a součást údajného protistátního spiknutí katolické církve řízeného z Vatikánu. Vyšetřování případu dostala na starost Instruktážní skupina Státní bezpečnosti (StB). Její členové Toufara v lednu 1950 zatkli a ve valdické věznici na Jičínsku se ho snažili přinutit k přiznání, že pohyb kříže zinscenoval. Sedmačtyřicetiletý farář vystavený krutému mučení 23. února podepsal protokol, v němž se k činu přiznal. Dva dny poté zemřel v nemocnici na následky prasklého žaludečního vředu. Pochován byl pod falešným jménem do společného hrobu v pražských Ďáblicích. Příbuzní se o jeho smrti dozvěděli až v roce 1954.

O metodách, jimiž se pracovníci StB snažili kněze přinutit ke spolupráci, asi nejlépe svědčí výpověď lékaře Františka Mauera, učiněná v roce 1968: "Při operaci Josefa Toufara jsem tehdy asistoval. Dělali jsme všechno, co bylo v lidských silách, ale toho člověka nebylo možno zachránit. Byl neobyčejně surovým způsobem utlučen k smrti. Řekl bych - jasná vražda!"

Josef Toufar se narodil 14. července 1902 v Arnolci na Jihlavsku. Na kněze byl vysvěcen až ve svých 38 letech. Jako farář působil nejprve v dnes už zaniklé obci Zahrádka v Posázaví, v roce 1948 byl přeložen do Číhošti.

O jeho mši se několikrát pohnul kříž na kostelním oltáři