Podle zprávy NKÚ porušilo ministerstvo o několik měsíců termín, do kdy mělo rozhodnout o dotacích pro nestátní neziskové organizace. Na těchto dotacích přitom je existence neziskových organizací většinou závislá. V roce 2011 některé neziskové organizace na peníze čekaly do července, přestože o výši dotací mělo být podle harmonogramu rozhodnuto nejpozději v únoru.

Řada projektů neuspěla

Ministerstvo podle NKÚ také naprosto podcenilo kontrolu dotovaných projektů. Těch bylo v obou programech v letech 2010 a 2011 celkem 501. Ministerstvo prověřilo využití peněz pouze u dvou, to je půl procenta z přidělených dotací, ač mu kontrolu ukládá zákon. V obou kontrolovaných zdravotnických programech bylo v letech 2010 a 2011 mezi neziskové organizace rozděleno více než 164 milionů korun. I tak ale řada projektů neuspěla. Zájem o dotace je téměř dvakrát větší, než jaké jsou finanční možnosti obou programů, uvádí NKÚ.