Podle studie proveditelnosti k projektu datových schránek měl stát jejich zavedením ušetřit půl miliardy korun ročně. "Ministerstvo vnitra ale nepředložilo kontrolorům žádné doklady, podle kterých by mohli spočítat, jestli vůbec a k jakým úsporám došlo. Stejně tak ministerstvo nedoložilo, jestli zavedení schránek naplnilo i další cíle projektu, tedy zkrácení řízení u orgánů veřejné moci a zefektivnění jejich práce," uvedl NKÚ.

Za samotný provoz systému datových schránek stát České poště v letech 2009 až 2012 podle NKÚ zaplatil 2,4 miliardy korun. Pošta přitom na provoz systému využívá služeb dodavatele, kterému v těchto letech zaplatila 1,9 miliardy korun. Rozdíl mezi platbami od státu a náklady, které České poště fakturuje její dodavatel, přetrvává také v letošním roce, kdy stát za datové schránky poprvé platí paušálně.