NKÚ má podle vládního návrhu získat právo prověřovat například i hospodaření krajů, obcí a jejich příspěvkových organizací. Osud této předlohy je ale v Senátu nejistý vzhledem k tomu, že žádný z jeho výborů normu nepodpořil.

Mnozí senátoři v souladu s požadavky Svazu měst a obcí (SMO) chtějí, aby vláda předložila návrh, kterým by se odstranily duplicity v kontrolních akcích, kdy různé instituce kontrolují stejnou věc a někdy s rozdílným výsledkem. Kontroloři by SMO měli mít ve vztahu k samosprávě v kompetenci pouze kontrolu zákonnosti, nikoliv efektivnost vynaložených peněz.