Bedřich Moldan vystudoval analytickou chemii na Matematicko-fyzikální fakultě UK a poté byl až do roku 1989 zaměstnán v různých funkcích v Ústředním ústavu geologickém. V roce 1992 se stal docentem Univerzity Karlovy pro obor geochemie, v roce 1997 tamtéž profesorem v oboru ochrana životního prostředí. Od roku 1992 byl mnoho let ředitelem Centra pro otázky životního prostředí UK, nyní je zástupcem ředitele. Mimo jiné byl v letech 1998 až 2001 zmocněncem ministra životního prostředí pro přijetí do EU a předsedou Komise OSN pro udržitelný rozvoj (2000 až 2001).