Stoltenberg se den před konáním britského referenda vyjádřil, že Británie musí zůstat v srdci Evropy, jelikož její případný odchod by vedl k roztříštění současné Evropské unie a vzrůstu „nerovnováhy a nepředvídatelnosti“.

„Já hlas nemám. Rozhodnutí je na občanech Británie,“ řekl. „Můžu ale říct, co je dobré pro NATO, a tím je silná Británie v silné Evropě, protože čelíme bezprecedentním bezpečnostním hrozbám terorismu, nestability a nepředvídatelného bezpečnostního prostředí a roztříštěná Evropa té nerovnováze a nepředvídatelnosti jen přidá,“ dodal.

Británie je podle něj důležitým „mostem“ mezi EU a NATO a zasadila se o jejich užší spolupráci, která je mimo jiné zcela zásadní pro zvládání migrační krize v Egejském a Středozemním moři.