Obžaloba popisuje řadu skutků, většina z nich měla podobný scénář. Žalobce viní Šmídu z toho, že v letech 2002 až 2007 u několika společností objednával různé zboží nebo služby. Poté, co za ně ministerstvo zaplatilo, ovšem údajně odebral úplně jiné zboží, se kterým pak sám nakládal, popřípadě které putovalo do rukou dalších lidí. Zbořil a Košner čelí podezření, že podepsali některé objednávky nebo jejich kontroly, a tím způsobili proplacení faktur. Všichni čelí obvinění z porušování povinnosti při správě cizího majetku, Šmída i z podvodu.