Podle NKÚ se na chyby v hospodaření fondu přišlo při inventarizaci za rok 2010. Manko v celkové výši přes 2,8 milionu korun tvoří majetek pořízený v letech 2008 až 2010. Postrádat se měly mimo jiné notebooky, mobilní telefony a vybavení kanceláří.

NKÚ zaráží především reakce fondu na nesrovnalosti. "Škodní komise SFŽP navrhla nevymáhat škodu a odepsat manko z majetkové evidence s tím, že není možné určit, kým a jakým způsobem manko vzniklo, a že ceny nenalezeného majetku jsou cenami pořizovacími a neodráží reálnou hodnotu," popsala postup fondu mluvčí NKÚ Olga Málková.

I fondu životního prostředí se tak týká přísné doporučení NKÚ, aby některé z celkem šesti státních fondů byly sloučeny nebo úplně zrušeny.