Doc. RNDr. Otakar Jelínek, CSc., v článku Halík a pochybnosti uvádí, že pochybnosti jsou s Halíkem bytostně spojeny. 

Halíkovy postoje snad nejsou ani křesťanské... Halíkovo křesťanství jako utopie

První pochybnost se podle Jelínka týká Halíkovy konverze ke katolicismu v šedesátých letech. Jelínek zpochybňuje to, zda je Halík vůbec křesťanem.

„Jako příčinu svého ‚obrácení‘ uvádí Mons. Halík často G. K. Chestertona, pravověrného katolíka a přesvědčeného tomistu, autora nádherné knihy o sv. Tomáši Aquinském a také výroku o ‚křesťanské výšině a buddhistické propasti‘. Ten se musí obracet v hrobě kvůli Halíkově přezíravému postoji vůči scholastické filozofii, což je podle Chestertona právě to nejcennější, co katolické křesťanství odlišuje od ostatních náboženství založených víceméně na mýtech. Samotnému Halíkovu ‚obrácení‘ lze jen těžko porozumět, neboť jeho současné myšlení a heterodoxní postoje nejsou snad ani katolické, ani protestantské, ale nejsou dokonce snad ani křesťanské. Halík navíc se svým deklarovaným postojem k Bohu – Stvořiteli by se neměl opovažovat vstupovat nejen do každého kostela křesťanského, ale ani do  mešity a synagogy!“ píše Jelínek.