V čele Masarykovy univerzity by měl Bareš nahradit Mikuláše Beka, který instituci vedl dvě funkční období. Akademický senát dal Barešovi přednost před protikandidátem, kterým byl geolog Jaromír Leichmann z přírodovědecké fakulty. Bareš získal 36 ze 47 platných odevzdaných hlasů, Leichmann 11.

Bek, který se loni stal senátorem a po dvou funkčních obdobích v čele univerzity už na místo rektora nemohl kandidovat, měl v minulosti s prezidentem Milošem Zemanem rozpory. Bareš po svém zvolení řekl, že očekává, že Zeman bude rozhodnutí akademického senátu respektovat a skutečně ho rektorem jmenuje. Uvedl, že by té příležitosti chtěl využít k diskusi s prezidentem k vysvětlení role Masarykovy univerzity ve společnosti. Bek zvolení Bareše uvítal.