Vadí jim mimo jiné nedostatečné projednání plánovaných změn se zemědělskou veřejností. Proti argumentům Agrární komory ČR a Zemědělského svazu ČR se staví Asociace soukromého zemědělství (ASZ), která si naopak změny ve strategii, kterou odsouhlasila bývalá vláda, přeje.

Ministerstvo zemědělství nově vedené lidovci v prosinci oznámilo, že se rozhodlo pro úpravy plánu připraveného bývalým vedením úřadu, tak aby byl šetrnější k přírodě a půdě. Vyjednalo také posun termínu odeslání finálního návrhu k posouzení EK. Původní verzi plánu ekologické organizace kritizovaly, podle nich dostatečně nepřispívala k ochraně přírody a krajiny. Podle lednového vyjádření mluvčího ministerstva Vojtěcha Bílého je potřeba odeslat plán EK co nejdříve.