Pavel Šafr patří k dlouhodobým kritikům prezidenta Miloše Zemana. Soustavně vyjadřuje názor, že Zeman není právě tou nejlepší hlavou státu, spíše naopak. Došel dokonce k názoru, že se Zeman v podstatě dopouští zrady.

"Pražský hrad je v moci cizí mocnosti. Myslím to doslova. Byl již dříve, ale ne tak zřetelně a tak přímočaře, jako nyní. Toto starodávné a slavné místo je okupováno nepřátelskou silou. Je lhostejné, jakou formou je český prezident zavázán cizímu státu. Podstatné je, že pracuje v cizích službách a mimo rámec našich spojeneckých vazeb. To, co provozuje, je docela obyčejná zrada národních i státních zájmů," napsal Šafr.