Sovětský ministr obrany Andrej Grečko varoval československého ministra obrany Martina Dzúra, aby se naši vojáci invazi nepokoušeli zastavit. Dzúr poslechl a vydal rozkaz ponechat všechna vojska v kasárnách, v žádném případě nepoužívat zbraně a poskytnout sovětským vojskům všestrannou pomoc. Žádný armádní letoun nesměl do vzduchu, vojáci měli naopak zabezpečit přistávání sovětských letounů na letištích v Brně a Praze.

Během noci každou minutu na pražském letišti přistávaly letouny s vojáky, tanky a obrněnými transportéry. Celkem přistálo asi 220 letadel An-12 a An-24. Také v Brně a na vojenských letištích Hradčany, Hradec Králové, Mladá, Mošnov, Náměšť nad Oslavou, Pardubice, Slatina a Žatec přistávaly An-12, letiště ve Vajnorech u Bratislavy obsadil vrtulníkový výsadek. Během noci začaly do Čech pronikat pozemní divize sovětské, polské, bulharské a maďarské armády. Vojska Německé demokratické republiky, ač byla připravena k zásahu, nakonec hranice našeho území nepřekročila. Vzdušný prostor Sověti zcela ovládli – do akce k tomu nasadili 450 stíhaček, přičemž stovka strojů kroužila neustále ve vzduchu.

Proti okupantům a jejich zbraním začali hned druhý den veřejně protestovat na ulicích a náměstích naši občané. Došlo k zabití mnoha občanů střelbou okupantů, přejetím vozidly, výbuchy munice a požáry. Zoufalí lidí dokázali zapálit tank, mřížemi z kanálů vysvléct z tanku pásy, zapálit muniční vozidla, zabarikádovat tramvajemi ulice. Protesty nepomohly, okupanti ze Sovětského svazu obsadili naše vojenská kasárna a postupně si vybudovali další vlastní a pobyly u nás pak dlouhých 20 let.

Západ byl údajně tehdy velice překvapen, jak elegantní a účinná operace to ze strany SSSR byla. Překvapila je zejména rozhodnost, velikost operace a bezohlednost, se kterou byla provedena. Západní prý rozvědky nic netušily o přípravě akce, které se účastnilo 26 divizí Varšavské smlouvy. Operace Dunaj, jak se okupace nazývala, se stala největší vojenskou akcí v Evropě od 2. sv. války.
Přitom pokusů o obsazení Československa bylo v roce 1968 několik: