Dvě hodiny po překročení hranic, které se tehdy nacházely již v oblasti Mělníka, vstoupil wehrmacht do Prahy. Spolu s armádou dorazilo i gestapo a SS. Po sedmé hodině večer vjel do obsazeného Pražského hradu sám Adolf Hitler. O den později vydal výnos o zřízení Protektorátu Čechy a Morava.

Den předtím, 14. března 1939, odsouhlasil Slovenský sněm vznik samostatného Slovenského štátu.

Hned po příjezdu gestapa do Prahy 15. března byla zahájena  akce rozsáhlého zatýkání komunistů a antifašistů, tzv. akce Gitter (Mříže) a během dvou dnů bylo zatčeno kolem 6 000 lidí. Jednalo se o vyloženě protikomunistickou akci rozšířenou i na německé emigranty.

Nacistická genocida je většinou chápána jako genocida židů. Méně se v této souvislosti mluví o genocidě československých občanů obecně.

Krátce po okupaci a vytvoření Protektorátu B u. M. byly aktivizovány všechny projekty na přípravu ”konečného řešení české otázky ” (Endlösung der tschechischen Frage), který korespondoval s celkovým plánem na likvidaci a vysídlení Slovanů, s plánem Generalplan Ost.