Není sporu o tom, že vyšetřovací komise může provádět výslechy, ale její práva jsou limitována mezinárodními závazky České republiky i vlastními předpisy České republiky.

Pravomoc vyšetřovací komise není neomezená. Podrobnosti o povinnosti svědčit, o předvolání a předvedení, zákazu výslechu, právu odepřít výpověď, o nároku na svědečné a o právech a povinnostech svědka stanoví jednací řád vyšetřovací komise (§ 48 odst. 4 zákona č. 90/1995 Sb.).

Svědci smí být dotazováni i na skutečnosti tvořící předmět utajení podle zvláštního zákona (zákon č. 412/2005 Sb.). Ustanovení zvláštního předpisu o povinnosti zachovávat mlčenlivost o skutečnostech tvořících předmět utajení podle zvláštního zákona a o zprošťování této mlčenlivosti se při výslechu svědka před vyšetřovací komisí neužije (čl. 13 jednacího řádu vyšetřovací komise). Zákon č. 412/2005 Sb., o ochraně utajovaných informací a o bezpečnostní způsobilosti nemá význam.

Svědek ale nesmí být vyslýchán tehdy, jestliže by svou výpovědí porušil státem uloženou, nebo uznanou povinnost mlčenlivosti, ledaže byl zproštěn této povinnosti příslušným orgánem nebo tím, v jehož zájmu tuto povinnost má (například za určitých okolností i obchodní tajemství obchodní společnosti z doby, kdy v ní působil atd.). Zákaz výslechu se nevztahuje na svědeckou výpověď týkající se trestného činu, ohledně kterého má svědek oznamovací povinnost podle trestního zákona (čl. 14 jednacího řádu vyšetřovací komise).

Právo odepřít výpověď je v jednacím řádu upraveno v podstatě shodně jako v § 100 odst. 1, 2 trestního řádu Je upraveno (v čl. 27 jednacího řádu vyšetřovací komise), rovněž jednací řád upravuje předvolání a předvedení svědka, a to v podstatě opět zcela shodně jako v trestním řádu. V zásadě každý má právo odmítnout výpověď, pokud by jeho výpověď mohla vést k jeho trestnímu stíhání.