Česká republika přitom má v historii Středoevropské univerzity svou smutnou roli. Středoevropská univerzita byla založena v roce 1991 v Praze. Václav Klaus ale neměl zájem na budování silného nezávislého intelektuálního centra a k G. Sorosovi měl velmi odmítavý vztah. Bylo tedy pouze otázkou doby, než Klausova vláda odmítla plnit závazek přispívat na nájem budovy a platy českých zaměstnanců Středoevropské univerzity proti Sorosově podpoře ve výši 25.000.000 USD. Bohužel se na odchodu Středoevropské univerzity z Prahy podepsala i většina rektorů ostatních vysokých škol, kteří v ní spatřovali silného konkurenta a v podstatě odchod této instituce z Prahy uvítali.

Andrej Babiš v současné situaci sice nabídl možnost, aby se Středoevropská univerzita přemístila zpět do Prahy (což může být jen předvolební rétorika), proti lex CEU se postavili i představitelé některých vysokých škol, ale odezva ostatních zejména politiků je povětšinou chladná až odmítavá. Ostatně chladné až odmítavé jsou postoje nemalé části veřejnosti vůči organizacím občanské společnosti obecně.