Je asi pochopitelné, že to, co širší veřejnost – a nejen tu katolickou – na fatimském poselství nejvíce zajímá, je s ním spojované tajemství. Ne vše z "Fatimy" totiž smělo spatřit světlo světa. Proč?

První dvě části tajemství nesdělují vše

Připomeňme: Jedná se o výroky Panny Marie, svěřené Lucii, Františkovi a Hyacintě v průběhu zjevení z 13. července 1917, obsahující rozličné rady, proroctví a varování. Svět se o jejich existenci dozvěděl na popud papeže Pia XII. teprve v roce 1942, když v srpnu roku předchozího o nich sestra Lucie žijící v klášteře  napsala ve svých Pamětech:

„Tajemství spočívá ve třech odlišných věcech, dvě z nich chci nyní odhalit. První bylo vidění pekla. Madona nám ukázala velké moře ohně, které bylo jakoby pod zemí. Do tohoto ohně byli ponořeni démoni a duše jako průhledné černé nebo bronzové řeřavé uhlíky s lidským tvarem, které se míhaly v požáru a byly nesené plameny, které z nich vycházely spolu s mraky kouře a padaly na všechny strany tak, jako padají jiskry při velkých požárech, bez tíže, či rovnováhy, uprostřed bolestných výkřiků a vzdechů plných zoufalství, které vyvolávaly děs a naháněly strach. Démony bylo možné rozpoznat podle hrozných a odporných zvířecích tvarů – úděsných a neznámých, ale průhledných a černých. Toto vidění trvalo chvilku. Děkujeme naší dobré nebeské Matce, která nám na začátku (v prvním zjevení) slíbila, že nás přivede do nebe; myslím, že jinak bychom byli zemřeli děsem a hrůzou. Pak jsme pozvedli oči k Madoně, která nám dobrotivě a smutně řekla: – Viděli jste peklo, kam padají duše ubohých hříšníků.

Aby byly zachráněny, chce Bůh zavést ve světě úctu k mému Neposkvrněnému Srdci. Jestliže lidé udělají to, co vám řeknu, mnohé duše se zachrání a navrátí se jim pokoj. Válka se schyluje ke konci; nepřestanou-li však urážet Boha, začne během pontifikátu Pia XI. jiná, ještě horší. Až uvidíte noc ozářenou neznámým světlem, vězte, že je to velké znamení, které vám Bůh dává, že se chystá potrestat svět za jeho zločiny skrze válku, hlad a pronásledování církve i Svatého otce. Aby se jí zabránilo, budu žádat o zasvěcení Ruska mému Neposkvrněnému Srdci a o smírné Přijímání o prvních sobotách. Budou-li přijaty moje požadavky, Rusko se obrátí a bude mír; když se tak nestane, rozšíří své bludy po světě a bude podněcovat války a pronásledování církve. Dobří lidé budou mučeni, Svatý otec bude muset hodně trpět, mnohé národy budou zničeny. Nakonec mé Neposkvrněné Srdce zvítězí. Svatý otec mi zasvětí Rusko, které se obrátí, a světu bude dopřáno údobí míru…

Trýznivá muka sestry Lucie

8. prosince 1941 pak do nového vydání Pamětí vepsala před závěrečné věty slova, jež jsou všeobecně považována za pomyslnou vstupní bránu k třetí části tajemství: “V Portugalsku zůstane dogma víry navždy zachováno atd.“. V roce 1943 sestra Lucie vážně onemocněla. Biskup da Silva se obával, že v případě její smrti bude poslední část fatimského tajemství uložena spolu s ní do hrobu. Proto Lucii přikázal, aby ji neprodleně přenesla ze své paměti na papír. Pokoušela se o to po dobu dvou měsíců, ale působilo jí to natolik těžké a neobvyklé stavy, že toho nebyla schopna. Lucie si tehdy zapsala, že příčiny této neschopnosti „jistě nejsou přirozené“.