Mateřské školy jsou ze všech stupňů vzdělávací soustavy tím nejrizikovějším vzhledem k možnému přenosu koronaviru, protože v nich nejčastěji dochází k přímým kontaktům mezi dětmi navzájem i mezi dětmi a pedagogy, případně rodiči. Při tvorbě pravidel pro znovuotevírání mateřských škol musí ministerstvo školství ve spolupráci s ministerstvem zdravotnictví i vládou jako celkem zohlednit následující specifické problémy organizace předškolního vzdělávání:

1. V případě obnovení provozu konkrétní mateřské školy ztrácí podle současných pravidel všichni rodiče nárok na ošetřovné. Je třeba systém nastavit tak, aby v případě, že se rodiče rozhodnou zůstat se svým dítětem doma, měli nadále nárok na ošetřovné, i když bude MŠ otevřena.
    
2. Rodiče, kteří nemohli žádat v březnu a dubnu o ošetřovné, protože mateřská škola nebyla uzavřena, by měli mít možnost požádat o něj zpětně, pokud své dítě do MŠ neposílali, jelikož nemohli nijak ovlivnit, zda se mateřská škola uzavře či ne. Rozhodnutí o přerušení provozu mateřské školy je dle příslušné vyhlášky v kompetenci ředitele (po projednání se zřizovatelem).
    
3. Z hygienického hlediska jsou mateřské školy velmi rizikovým prostředím pro všechny přítomné. Je nutné jednoznačně stanovit, jaké ochranné prostředky budou muset používat děti i učitelky. A především určit, kdo je zajistí. Pro děti i zaměstnance MŠ musí být hygienické i ochranné prostředky bezplatné.
    
4. Ve třídě MŠ je až 28 dětí (průměrný počet v obecních MŠ činí dle statistik ministerstva školství 23 dětí na třídu). Délka provozu mateřských škol činí obvykle 10 hodin denně (od 6.30 do 16.30). Většinu času je vzdělává pouze jedna učitelka (překrývání dvou učitelek je zajištěno pouze na 2,5 hodiny denně, a to ne vždy). Maximální počet dětí v jedné třídě by měl být stanoven na 15, jak je tomu nyní ve třídách pro děti pracovníků v rámci integrovaného záchranného systému a jak vláda avizovala pro otevírání prvního stupně ZŠ.
    
5. I další podmínky pro děti a učitelky v mateřských školách by měly být minimálně takové, jaké budou platit pro první stupeň ZŠ (a na dalších pracovištích mimo školství, kde dochází k přímému kontaktu s klienty). Spíše ale přísnější, protože děti v mateřských školách si teprve začínají osvojovat zásady hygieny (to platí především pro děti do čtyř let věku, které velmi často potřebují pomoc dospělého při základní sebeobsluze).
    
6. Děti rodičů, kteří pracují v rámci integrovaného záchranného systému, by měly nadále pobývat v samostatné třídě, což výrazně sníží riziko nakažení ostatních dětí.
    
7. V době přijímání a vyzvedávání dochází ke slučování dětí z více tříd do jedné, aby se efektivně pokryla pracovní doba učitelek.  Z preventivních důvodů by se neměly třídy ráno ani odpoledne spojovat. Učitelky a další pedagogičtí i nepedagogičtí pracovníci MŠ by se měli u dětí střídat jen v nejnutnějších případech.
    
8. Ředitelé mateřských škol v současnosti nesmějí omezit docházku dětí z rodin, kde je jeden z rodičů v domácnosti, nezaměstnaný, na rodičovské dovolené s jiným dítětem nebo čerpá ošetřovné na další dítě. Je třeba posílit pravomoci ředitelů škol, aby konkrétní pravidla pro ne/přijímání výše uvedených dětí mohli určovat sami.
    
9. Pokud dítě působí nemocně, měla by mít mateřská škola možnost ho v daný den nepřijmout. Opětovné přijetí dítěte by mělo být podmíněno negativním testem na koronavirus. Pro děti i zaměstnance MŠ by měl být tento test bezplatný.
    
10. V České republice je více než 5 000 mateřských škol (přibližně polovina z nich je samostatným právním subjektem, další jsou spojeny se základní školou), které zřizují obce, soukromé subjekty, případně církve. Jedná se tudíž o tisíce zřizovatelů, z nichž každý postupuje v současnosti jiným způsobem. Proto je nutné pravidla sjednotit a dát jim jednoznačnou legislativní podobu. Nestačí vydávat nezávazná doporučení a manuály, které si bude moci každý zřizovatel vykládat jinak.

Ošetřeny by měly být především následující rizikové situace: