Je-li odhalených chyb příliš, nebo nejde-li o omyl, ale spíše o tunelování, pomyslný evropský penězovod se částečně přiškrtí, případně uzavře úplně. Některé projekty tak nemusí být proplaceny vůbec, nebo v plné výši, jak bylo původně dohodnuto. Což komplikuje život nejenom těm, kteří jsou s danou zakázkou bezprostředně spjati, ale také státní pokladně.

Čerpání evropských peněz je totiž nastaveno tak, že schválené projekty jsou financovány ze státního rozpočtu, případně rozpočtu krajů, nebo jednotlivých obcí. Až následně jsou propláceny Bruselem. A když tyto očekávané peníze nedorazí, odrazí se to v jejich nižších příjmech.

Pokud by celý systém fungoval standardním způsobem, k podobným výpadkům by nedocházelo. Ke zmiňovaným problémům přispívá počet programů, které jsou určeny k financování z evropských fondů. Ten je na velikost České republiky neúměrně vysoký a tím i méně přehledný, hůře kontrolovatelný a tudíž náchylnější k nejrůznějším machinacím.