Kontroly, a to i fyzické kontroly dokladů u plátců pojistného, provádí VZP výrazně častěji právě u zaměstnavatelů než u jednotlivých fyzických osob samostatně výdělečně činných. Postupuje se podle plánů kontrol, přičemž by se měly všude uskutečnit nejméně jednou za pět let. Navíc každá zdravotní pojišťovna provádí svoje kontroly, takže čím více různých zdravotních pojišťoven zaměstnanci mají, tím více kontrol musí jejich zaměstnavatel očekávat. Fyzické kontroly účetních dokladů podnikajících fyzických osob (OSVČ) se dělají jen ve specifických případech; vychází se spíš z vyúčtování pojistného na základě dat získaných z informačního systému pojišťovny a údajů z podávaných přehledů OSVČ.

Kontroly u zaměstnavatelů jsou mimo plán kontrol vykonávány i na základě podezření na nepravdivost uváděných údajů, podnětem bývají také prudké výkyvy v platbách pojistného, špatná platební morálka či hrozící ukončení činnosti plátce při konkurzu, likvidaci či insolvenci. Zaměřeny jsou nejen na správnost stanovení vyměřovacího základu pro výpočet pojistného na zdravotní pojištění a na správnost výše pojistného a jeho včasné placení, ale i na splnění oznamovací povinnosti a povinnosti odevzdávat přehled o platbě pojistného zaměstnavatele.