Moravskou vlajku tvoří dva stejně široké pruhy, horní žlutý a dolní červený. Barvy moravské vlajky vychází ze šachování moravské orlice, která se od roku 1462 používala ve dvou variantách. Zatímco u znaku se dnes používá původní stříbrnočervená varianta, u vlajky se ustálily barvy žlutá a červená vycházející ze zlatočerveného šachování. Takto byly moravské barvy kodifikovány Moravským zemským sněmem 1848 a z nich se vyvinula moravská vlajka užívaná od 19. st.

Stalo se tradicí 5. července na svátek sv. Cyrila a Metoděje hlavních patronů Moravy a patronů Evropy vyvěšovat moravskou vlajku. Žlutočervenou moravskou vlajku stále upravují předpisy vydané v 19. století, protože zde platí recepce práva habsburské monarchie novým československým státem, který převzal platné právo na území Čech, Moravy a Slezska, ať již bylo vytvořeno ústředními orgány ve Vídni či orgány zemí. V roce 1920 byl přijat nový zákon o státních symbolech, který se však nedotkl zemských vlajek. Moravského znaku se dotkl tak, že změnil šachování orlice ze zlaté na stříbrnou. V roce 1936 zákon o užívání symbolů výslovně počítal s tím, že stávající znaky a vlajky samosprávných korporací může měnit Ministerstvo vnitra, pokud nejsou součástí státního znaku. V takovém případě mohl být znak změněn jen zákonem. Fakticky se tedy rozdělila případná změna zemských znaků, které byly součástí středního a velkého československého státního znaku, a zemských vlajek, které součástí státní vlajky československé nebyly. Zemský znak mohl změnit jen parlament zákonem, zemskou vlajku mohlo změnit Ministerstvo vnitra. Ale žádná změna zemské vlajky se nekonala.

Po roce 1989 se znovu začalo uplatňovat užívání moravské vlajky. Přičemž vedle historické varianty se objevuje i další, kdy se na vlajku klade zemský znak. Umístění znaku na vlajku je možné, ale popírá původní smysl vlajky jako symbolu odvozeného od znaku jeho zjednodušením na užití barev znaku. Většinou se znak nebo jeho podstatný prvek na vlajce užívá tehdy, když se má odlišit státní vlajka od národní (Rakousko) nebo vlajky dvou státu (Slovensko a Rusko). Rovněž se užívá vlajky modré, na níž je umístěna bíločervená šachovaná orlice.