Za největší rizika předloženého návrhu považujeme:

Oslabení výkonnosti a účinnosti státních zastupitelství v oblasti vyšetřování závažných korupčních případů. Návrh předpokládá vytvoření paralelní struktury v soustavě státního zastupitelství. Vzniklo by nově Speciální státní zastupitelství v Praze, nad nímž by dohled vykonávalo Speciální vrchní státní zastupitelství v Praze. Působnost obou speciálních státních zastupitelství by byla velmi široká, takže přímým důsledkem by bylo naprosté zahlcení těchto nových „speciálů“. Tím by se výrazně zkomplikovalo vyšetřování nejzávažnější hospodářské a korupční trestné činnosti.

Odnětí pravomocí při vyšetřování nejzávažnější hospodářské kriminality vrchním státním zastupitelstvím a Nejvyššímu státnímu zastupitelství. Podle návrhu by Nejvyšší státní zastupitelství již nemohlo provádět dohled nad vyšetřováním v žádné trestní věci a Vrchní státní zastupitelství v Praze a v Olomouci by už nemohla provádět dozor nad vyšetřováním žádné trestní věci (s výjimkou dokončení běžících případů). Návrh tedy sice neruší vrchní státní zastupitelství, ale odnímá jim kompetence dozorovat vyšetřování nejzávažnějších korupčních a hospodářských kauz.