K nedostatkům směrnice patří například zákaz nabývání některých typů samonabíjecích zbraní, s možností udělení výjimky pro ty, kteří budou oprávněnými držiteli těchto zbraní ke dni vstupu nové směrnice v platnost. Pokud ČR tuto výjimku využije, bude se vztahovat na cca 40 tisíc zbraní, které jsou nyní v rukou oprávněných držitelů. Zájemci o tyto zbraně, kteří si je nestihnou pořídit do doby vstupu směrnice v platnost, budou mít naproti tomu smůlu.

„Uvedenými zákazy dochází k vytváření dvojí kategorie občanů – jedna si svou zbraň bude moci na základě výjimky ponechat, druhé bude pořízení stejné zbraně odepřeno. Taková situace v sobě obsahuje prvek diskriminace a může znamenat zpochybnění principu rovnosti občanů před zákonem,“ uvádí k tomu europoslanec Jiří Pospíšil, člen výboru pro vnitřní trh a ochranu spotřebitele, který návrh zbraňové směrnice projednával (zvolený za TOP 09 a STAN).

Europoslanec Stanislav Polčák (zvolený za TOP 09 a STAN) ve výčtu nedostatků pokračuje: „Oproti původnímu návrhu Komise, který chtěl zakazovat nabývání a držení zbraní na principu podobnosti, sice došlo k určitému zlepšení, některé nepřiměřené zákazy však zůstaly. Jde mi především o to, aby bylo možné do budoucna nabývat a držet dlouhé zbraně s kapacitou zásobníku do 32 ran. Neexistuje totiž žádný opodstatněný důvod takové zbraně zakazovat. Kromě toho chci například posílit právní jistotu milovníků paintballu, že jejich zbraně nebudou podléhat žádným novým omezením“.