Zajíček má s prací ve státní správě bohaté zkušenosti. Známým se stal zejména díky bývalému ministrovi vnitra Topolánkovy vlády Ivanu Langerovi. Ten jej angažoval jako náměstka pro veřejnou správu, přičemž Zajíček měl na starost ambiciózní projekt elektronizace státní správy, přezdívaný eGON. Jeho součástí jsou například tzv. základní registry, díky nimž už úředníci nebudou mít právo požadovat po občanech ve formulářích informace, které mohou z databáze získat sami. Dalším Zajíčkovým projektem je třeba kontaktní místo CzechPoint nebo elektronické občanky.

V současné době vykonává Zajíček funkci náměstka ministra financí. Do Kalouskova resortu přešel poté, co musel vnitro opustit v létě 2009, což vyvolalo mezi ODS a ČSSD, která dosadila do Langerova resortu svého ministra Pecinu, roztržku, hrozící koncem úřednické vlády. Poté Zajíček přešel pod ministryni spravedlnosti Danielu Kovářovou. V nové Nečasově vládě se ale v červenci 2010 přesunul na Ministerstvo financí.