V rozhovoru pro Novinky.cz Halík především varoval před zásahy do akademické svobody. „Je mravní povinností nejen celé akademické obce, nýbrž všech lidí, kteří ctí právo a svobodu, proti této mocenské aroganci co nejrozhodněji protestovat a využít naprosto všechny prostředky k tomu, aby toto rozhodnutí bylo zvráceno,“ uvedl. Podpis prezidenta má podle něj pouze ceremoniální charakter a Zeman rozhodně nesmí posuzovat vědeckou způsobilost pedagogů.

Nevěří ani prezidentovu vysvětlování, že jej pobuřuje Putnova účast na Prague Pride s transparentem, kde se přihlásil ke „katolickým buznám“. „To má jen populisticky zakrýt pravděpodobnější motiv – pomstu za Putnovu politickou orientaci a občanskou angažovanost, zejména před prezidentskými volbami,“ myslí si teolog. Transparent byl podle něj provokující klukovinou a projevem svérázného humoru, což ale nijak nesouvisí s Putnovou vědeckou kompetentností.