Podle legendy rotunda vznikla na místě, kde se zastavil povoz s pozůstatky svatého Václava. Zvířata, táhnoucí povoz, se dle legend nechtěla pohnout z místa do té doby, než byli v nedalekém vězení osvobozeni nespravedlivě uvěznění lidé. Ve vrcholném středověku sloužila rotunda jako pohřební kaple a přiléhala k nedalekému farnímu kostelu sv. Mikuláše. Po bitvě na Bílé hoře, kdy byl kostel sv. Mikuláše darován jezuitům, se rotunda dočkala barokní přestavby (v letech 1628–29) a stala se malostranským farním kostelem.

V 2. polovině 17. století jezuité začali s výstavbou nového komplexu budov, která nakonec vedla k demolici této románské svatyně a na jejím místě vznikl barokní kostel svatého Václava, který byl včleněn do bloku profesního domu a stejně jako rozšířená rotunda plnil roli farního kostela. Zbylé torzo někdejší rotundy zůstalo v základech barokních budov.