NKÚ dlouhodobě upozorňuje na to, že nespolehlivost údajů a vysoká míra nesprávností v účetnictví u jednotlivých ministerstev ohrožuje cíle účetní reformy, která proběhla v roce 2010. Údaje z účetnictví slouží jako zdroj informací k řízení veřejných financí. Účetní reforma měla tedy zajistit jejich spolehlivost. Národní účty by se měly opírat o spolehlivé údaje právě z účetnictví vládního sektoru. Závažné nedostatky v účetnictví ministerstev proto mohou negativně ovlivnit konsolidované účetní výkazy za Českou republiku.

V účetnictví MPSV zjistili kontroloři významné nesprávnosti celkem za 8,4 miliardy korun. Nejvýznamnější nedostatky se týkaly například účtování o výnosech z předfinancovaných projektů z operačního programu „Lidské zdroje a zaměstnanost“ za více než 4 miliardy korun. MPSV je zaúčtovalo až v roce 2016, ale mělo tak učinit už o rok dříve. Ministerstvo také neúčtovalo o dlouhodobých podmíněných závazcích z uzavřených smluv. Nesprávnost za více než 627 milionů korun měla dopad na vykázané zůstatky podrozvahových účtů. Kvůli takovým nedostatkům pak podrozvahové účty podávají nesprávné informace o nárocích na budoucí rozpočty.