Správa této daně je nákladná a její efektivnost je v porovnání s ostatními daněmi v ČR zhruba čtyřikrát nižší. Vliv na to má administrativní náročnost spojená se správou daňových úlev, pomalá automatizace i chyby v registru vozidel.

V letech 2018 až 2020 vybrala finanční správa na této dani za jednu korunu výdajů v průměru 15 korun příjmů. To je v porovnání s průměrem ostatních daní více než čtyřikrát méně – na všech daních vybrala finanční správa za jednu korunu výdajů ve stejném období v průměru 68 korun příjmů. V celkových číslech finanční správa vybrala jen v roce 2020 v rámci silniční daně přibližně šest miliard korun, což stálo zhruba 460 milionů korun.

Na nižší efektivitu silniční daně měl vliv například administrativně náročný způsob prověřování plnění daňových povinností. NKÚ zjistil, že pro správce daně je v některých případech obtížné ověřit to, zda měl poplatník nárok na osvobození od daně nebo slevu na dani – jde například o uplatnění slevy na dani u kombinované dopravy. Obtížně finanční správa ověřuje například i plnění daňových povinností u autobazarů, které provozují osobní vozidla do tří a půl tuny.