Správa železnic je dominantním příjemcem programu CEF a výrazně napomohla vyčerpání prostředků určených pro Českou republiku. Ve čtyřech výzvách programu CEF Transport získala dotace v celkové výši 40,5 mld. Kč.

Na už zahájenou modernizaci desetikilometrového úseku z Nezamyslic do Kojetína získala Správa železnic dotaci ve výši 6,18 mld. korun. Stejně jako na ostatních částech trati Brno – Přerov zde přibude druhá kolej, traťová rychlost se zvýší na 200 km/h. To bude možné díky plánovaným přeložkám, na kterých mimo jiné vznikne Němčický tunel s délkou 744 m a rozsáhlé mostní objekty. Cestující budou využívat dvě bezbariérové zastávky, a to v Měrovicích nad Hanou a v Němčicích nad Hanou. Na trati se nainstaluje nejmodernější zabezpečovací zařízení – ETCS. Součástí stavby je i náhrada všech přejezdů mimoúrovňovými kříženími.