Eurokomisař poslal českému premiérovi dopis loni na konci listopadu, kdy se Evropská komise možným střetem zájmů zabývala. Dopis nezveřejnily ani české úřady, ani Brusel. Podle týdeníku Respekt Oettinger v textu doporučil českému premiérovi tři způsoby, jakými by se mohl zbavit střetu zájmů. Měl by buď zpřetrhat své vazby i vazby své rodiny na holding, zajistit, aby Agrofert přestal přijímat dotace z evropských fondů, nebo se zdržet účasti na některých rozhodnutích.

Ombudsmanka Emily O'Reillyová doporučila EK alespoň částečně seznámit veřejnost s obsahem dopisu na podnět senátora Lukáše Wagenknechta, podle něhož komise postupuje netransparentně a měla by zveřejnit i další dokumenty týkající se Babišova možného střetu zájmů.