Náměstkyní pro evropské fondy bude Klára Dostálová, která bude dohlížet na fungování operačních programů. Cestovní ruch a veřejné investování bude spadat pod náměstka Jiřího Houdka (KDU-ČSL).

Houdek byl do dneška starostou Třeboně, v pondělí oznámil rezignaci, protože se rozchází s názory radních v otázkách koncepce vedení města. Nyní je členem dozorčí rady Nemocnice Jindřichův Hradec a jednatelem společnosti Třeboňské lesy a rybníky a předsedou Sdružení lázeňských měst ČR. V letech 1992 až 2001 zasedal v dozorčí radě státního podniku Lesy ČR, byl také mimo jiné jednatelem Bertiných lázní a Lázní Aurora, prokuristou městských slatinných lázní Třeboň či členem dozorčí rady Horské služby ČR.

Houdek už na ministerstvu v minulosti působil, v letech 2007 a 2008 vedl sekci ministra. V letech 1998 až 2004 byl členem poradního sboru ministra pro místní rozvoj. Jako starosta se zabýval i získáváním dotací z evropských fondů, v čele lázeňského sdružení se podílel na přípravě a realizaci Státního programu podpory cestovního ruchu.