Ministerstvo si vytvořilo dvě koncepce a čtyři programy, pořadí akcí stanovilo podle priorit. Podle NKÚ se ale většina z nich neuskutečnila. Kvůli hospodářské krizi na ně ministerstvo získalo méně peněz, než předpokládalo. Často také na jejich úkor nejdřív investovalo do projektů, kterými řešilo aktuální problémy, například havarijní stav budov. „Kontroloři navíc zjistili, že když už ministerstvo peníze do programu získalo, tak je kvůli špatně připraveným akcím nedokázalo vyčerpat,“ uvedlo NKÚ.

Podle mluvčího resortu Jakuba Římana je ale přednostní řešení aktuálních problémů nutností, nikoliv nedostatkem. „Odstraňování havarijních stavů má prioritu v každém období,“ sdělil ČTK. Ministerstvo prý vnímá pozitivně, že bylo vyčerpáno 3,4 miliardy z pěti miliard korun. „A to zejména z důvodu, že uvedených pět miliard Kč vychází ze schváleného rozpočtu na programové financování, který byl z důsledku legislativních změn (vyjmutí výdajů na opravy a údržbu) v letech 2008 a 2013 celkem snížen o 680 mil. Kč,“ uvedl Říman.

Kvůli pomalému čerpání prý ministerstvo v řadě případů programy prodlužovalo a měnilo za běhu jejich podmínky. Například na výstavby a rekonstrukce budov či nákupy aut nebo informačních technologií v jednom z programů, mělo od roku 2008 do roku 2013 vyčerpat 4,9 miliardy korun. Ministerstvo vyčerpalo jen zhruba 1,2 miliardy. Program prodloužilo až do roku 2018, a to hlavně proto, že nestíhá čerpat peníze z evropských dotací. „Ty přitom tvořily zhruba jen 11 procent vyčerpaných peněz,“ uvedl Nejvyšší kontrolní úřad.