Základní registry měly začít fungovat od července 2012, dokončení projektů se ale podle NKÚ zpozdilo o 1,5 až 4,5 měsíce. „Toto zpoždění způsobilo Ministerstvo vnitra mimo jiné tím, že zpracovávalo nové dodatky k zadávacím dokumentacím či poskytovalo uchazečům o tyto zakázky dodatečné informace," uvedl kontrolní úřad. Ke zpoždění podle něj přispělo také to, že kvůli chybám ministerstva zrušil Úřad pro ochranu hospodářské soutěže  výběr nejvhodnějších nabídek pro projekty registru obyvatel a registr práv a povinností (RPP).

NKÚ prověřoval vedle dvou základních registrů také informační systém základních registrů. „Tři kontrolované projekty v době ukončení kontroly fungovaly, ale RPP jen zčásti, protože nebyly dokončeny související projekty eSbírka a Procesní modelování agend," uvedl kontrolní úřad. V rámci kontroly mezi loňským březnem a zářím NKÚ prověřil výdaje za 1,55 miliardy korun z 1,6 miliardy zaplacených za registry Ministerstvem vnitra a Správou základních registrů.