Protonové centrum za čtyři miliardy korun si před zahájením stavby chtělo zajistit přísun jedné miliardy ročně z léčby až 1 600 pacientů, na což tehdy VZP kývla. Dnes to však odmítá a vše musí řešit soud.

Do sporu se hlasitě zapojili i příznivci nemocnice, kteří ji pomocí placených spotů v rádiu hájí a kritizují přístup pojišťovny. Poukazují na to, že čeští pacienti by bez centra neměli přístup k nejmodernějšímu způsobu léčby rakoviny.