K nejzávažnějším nedostatkům patří podle kontrolní zprávy chybějící části svazků, kopie jsou špatně čitelné, chybí naskenované fotografie. ABS spadá pod ústav, který digitalizaci provádí. Vedení ústavu odhadlo náklady na digitalizaci na 50 milionů korun jen na mzdách. Přesný výpočet, který by zahrnoval i odpisy techniky, není k dispozici.

Odboráři ale tvrdí, že projednávání zprávy o kontrole se dostalo opakovaně do rozporu s jednacím řádem rady. Tím, že předsedkyně rady Emilie Benešová požádala archiv o zpracování konečné zprávy o kontrole, prý jednala v rozporu se zákonem. Úkolovat Archiv bezpečnostních složek jí nepřísluší, uvádějí v dopise odbory.