"Na protest proti všemu, co se tady děje. Proti nesvobodě slova a tisku. Říkejte to všem," odpověděl Palach zdravotní sestře v nemocnici, kam byl převezen s těžkými popáleninami, když se ho tázala na důvody jeho činu. Následující tři dny bojoval o život a odmítal utišující léky, aby byl při smyslech a mohl objasňovat, proč se odhodlal k takové oběti. V dopise, který zanechal na místě svého činu, naléhal, aby byly učiněny kroky na záchranu posledních zbytků demokracie.

"Vzhledem k tomu, že se naše národy ocitly na okraji beznaděje, rozhodli jsme se vyjádřit svůj protest a probudit lid této země následujícím způsobem: Naše skupina se skládá z dobrovolníků, kteří jsou odhodláni se dát pro naši věc upálit. Já jsem měl tu čest vylosovat si jednotku...," napsal. V dopise žádal zrušení cenzury a zákaz rozšiřování okupačního tisku. Dodnes není zřejmé, byl-li Palach členem takovéto skupiny. Jeho příkladu ale následovali další lidé, mezi nimi student Jan Zajíc, jenž se upálil na Václavském náměstí 25. února 1969.

Podle historiků nebyl Palachův čin zoufalým zkratovitým jednáním, plánoval jej půl roku. Podle nových zjištění také Palach v lednu 1969 chtěl, aby studenti obsadili rozhlas.