Námitky k materiálu, který předkládá premiér Andrej Babiš (ANO) a ministryně financí Alena Schillerová (za ANO), mělo v připomínkovém řízení několik ministerstev. Plán kritizoval zejména ministr zahraničí Tomáš Petříček (ČSSD), který označil výdaje i personální zabezpečení za podhodnocené.

Babiš na začátku roku uvedl, že původní návrh rozpočtu na předsednictví počítal s výdaji 2,6 miliardy korun, sám požadoval maximálně polovinu této částky. Podle aktuálního návrhu připadne 584 milionů korun na pořádání akcí spojených s předsednictvím v Česku, včetně zajištění bezpečnosti účastníků. Náklady na nové pracovníky mají činit 215 milionů korun, náklady za vysílání pracovníků do stálého zastoupení ČR v Bruselu 250 milionů.

Nejvíce zaměstnanců by mělo v souvislosti s předsednictvím přijmout ministerstvo zahraničí, plán očekává se vznikem 58 míst v Bruselu. Třicítka lidí by měla přibýt na úřadu vlády, který bude předsednictví koordinovat. Ve dvojciferných číslech se pohybují ještě počty nových zaměstnanců na ministerstvech financí, vnitra, životního prostředí, průmyslu a obchodu a spravedlnosti.