Podle senátorky Miluše Horské (KDU-ČSL) novela například neposiluje manažerskou odpovědnost a je v rozporu s mezinárodními auditními standardy. Umožňuje také různé výklady zákona a nenaplňuje protikorupční strategii vlády. Radko Martínek (ČSSD) uvedl, že si novela vyžádá další náklady, ať už na zaměstnávání nových lidí, nebo alespoň na přeškolování těch současných. Prohlásil také, že jde už o čtvrtý typ auditu, který zákon zavádí. "Tento návrh zákona je klasickou ukázkou toho, jak ideologie vítězí nad odborností," prohlásila místopředsedkyně Senátu Alena Gajdůšková (ČSSD).

Podle návrhu má vzniknout dvoustupňový systém finanční kontroly ve veřejné správě

Ministr financí Miroslav Kalousek odmítl, že by novela byla v rozporu s mezinárodními standardy, a zdůraznil, že nezavádí nový typ kontroly. Řekl také, že do konce května předloží ministerstvo financí do vlády zcela nový zákon o finanční kontrole. Kalousek řekl již ve Sněmovně, že tato novela byla domluvena a schválena v akčním plánu, který Česku uložila Evropská komise jako podmínku k obnovenému čerpání strukturálních fondů.