Babiš dlouhodobě popírá, že by se Státní bezpečností vědomě spolupracoval. Během prvního stání u soudu loni v červnu uvedl, že za komunismu jako pracovník zahraničního obchodu přišel s StB do kontaktu, ale že jejím agentem nebyl. Další svědky chtěla soudkyně vyslechnout v říjnu, žádný z nich se ale k soudu nedostavil a líčení bylo odročeno na 30. ledna. Miliardář slovenského původu v dřívějším rozhovoru pro ČTK prohlásil, že nadcházejícího stání se nezúčastní.

Babiše podpořil bývalý důstojník StB Andrej Kulha

Babiš byl před listopadem 1989 členem komunistické strany. Kvůli archivním svazkům, které jej evidují coby spolupracovníka StB, by v Česku zřejmě nezískal negativní lustrační osvědčení. Jmenování Babiše ministrem financí a vicepremiérem pro ekonomiku podmínil prezident Miloš Zeman přijetím služebního zákona v dolní komoře Parlamentu v prvním čtení; sněmovna tak učinila tento týden.